碳13甲烷（¹³CH₄）是把普通甲烷里的碳换成稳定同位素¹³C的示踪气体。天然甲烷¹³C仅约1.1%，科研用¹³CH₄通常标到99 atom%。它无放射性，化学性质和普通甲烷几乎一致，甲烷氧化菌照认照代谢；唯一区别是质量数差一个中子，同位素质谱仪能把重碳和轻碳分开。原理一句话：微生物认不出，质谱看得清。

科研上主要用于四类实验。一是好氧甲烷氧化菌鉴定，把土样装进血清瓶、顶空通5%左右¹³CH₄避光培养，提取DNA做密度梯度离心，重DNA层富集的菌就是真正吃甲烷的类群（DNA-SIP）。二是配合磷脂脂肪酸分析，靠C16/C18支链脂肪酸里的¹³C丰度，区分I型与II型甲烷氧化菌谁占主导。三是厌氧甲烷氧化（AOM）研究，泥水除氧后注入¹³CH₄，分组补加硫酸盐、硝酸盐、铁锰氧化物等电子受体，测¹³CO₂生成速率判断哪条途径在起作用。四是温室气体通量与碳汇定量，测培养前后土壤有机碳的¹³C净增量，估算甲烷氧化固定下来的碳；再往上还能靠δ¹³C天然丰度反演大气甲烷来源结构。

碳13甲烷在国内虽然已经国产化，但是产量不大，还是比较依赖进口，但是价格差距极大，国外的碳13甲烷合下来医生大概需要5-6千一升，而国内的碳13甲烷大概3000多就能够买到一升，尚澜气体可以提供99%丰度的高品质碳13甲烷，基本上都使用钢瓶包装，气袋的话非常危险，不建议用气袋分装碳13甲烷。

要注意¹³CH₄化学上仍是甲烷，可燃、与空气混合有爆炸极限，减压阀专用、接口检漏、操作区远离明火。日常血清瓶培养单次消耗仅几毫升，1L小钢瓶够课题组排一整个试验季。